Οι πλήρως αυτόματες φυγόκεντρες μπορούν να κατηγοριοποιηθούν σε διάφορους τύπους με βάση την εφαρμογή και το σχεδιασμό τους, όπως:
Βιομηχανικές φυγόκεντρες: Χρησιμοποιούνται σε βιομηχανίες όπως η χημική, τα τρόφιμα και η προστασία του περιβάλλοντος, για εφαρμογές όπως η αφυδάτωση λάσπης στην επεξεργασία λυμάτων και η διαύγαση χυμού.
Εργαστηριακές φυγόκεντρες: Χρησιμοποιούνται στην επιστημονική έρευνα και τις ιατρικές δοκιμές, για εφαρμογές όπως ο διαχωρισμός αίματος και η κυτταρική καλλιέργεια.
Φυγόκεντροι πάγκου: Μικρότερο σε μέγεθος, κατάλληλο για μικρά εργαστήρια ή διδακτική χρήση.
Κάθε τύπος φυγόκεντρου έχει διαφορετική σχεδιαστική εστίαση. Οι βιομηχανικές φυγόκεντρες συνήθως δίνουν προτεραιότητα στην απόδοση και την ανθεκτικότητα, ενώ οι εργαστηριακές φυγόκεντρες δίνουν έμφαση στην ακρίβεια και τη δυνατότητα προσαρμογής.